การแพทย์แผนไทย และการนวดแผนโบราณ มีประวัติความเป็นมาคู่กับชาติไทยมาแต่โบราณ ในสมัยกรุงศรีอยุธยา กรมแพทย์และกรมหมอนวดนั้นถือได้ว่าเป็นกรมใหญ่ซึ่งต้องรับใช้เบื้องพระยุคลบาทอย่างใกล้ชิด ตามทำเนียบศักดินาข้าราชการฝ่ายทหารและพลเรือน ในกฎหมายตราสามดวงเล่ม ๑ (พ.ศ.๑๙๙๘) บันทึกไว้ว่า “หลวงราชรักษาเจ้ากรมหมอนวดขวา และหลวงราโชเจ้ากรมหมอนวดซ้าย ถือนาดล ๑๖๐๐ ไร่ ขุนภักดีองค์และขุนองครักษา ปลัดกรมขวาและซ้าย นาดล ๘๐๐ ไร่ หมื่นแก้ววรเลือก หมื่นวาโยวาด หมื่นวาโยวาศ และหมื่นวาโยชัย นาดล ๖๐๐ ไร่ ...” ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช มีการรวบรวมตำรับยาต่างๆ ขึ้นเป็นครั้งแรก เรียกว่า “ตำราพระโอสถพระนารายณ์” การแพทย์แผนไทยก็ยังได้รับความนิยมอย่างกว้างขวาง มีการเปิดร้านจัดยาและขายยาสมุนไพรตามใบสั่งอยู่ทั่วไป ทั้งภายในและภายนอกกำแพงพระนคร ซึ่งแม้ในขณะนั้นมิชชั่นนารีชาวฝรั่งเศษได้นำการแพทย์แผนตะวันตกเข้ามาเผยแพร่ในประเทศ ก็ไม่ได้รับความนิยมเท่าแพทย์แผนไทย

ในสมัยโบราณนั้น ความรู้เกี่ยวกับการแพทย์และการนวดของไทยจะสั่งสอนสืบต่อกันเป็นทอดๆ โดยครูจะรับตัวศิษย์ไว้แล้วค่อยสั่งค่อยสอนให้จดจำความรู้ต่างๆ ความรู้ที่สืบทอดกันมานั้น อาจเพิ่มพูน สูญหาย หรือเพี้ยนไปบ้างตามความสามารถของครูและศิษย์เป็นสำคัญ จวบจนสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้โปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์ “วัดโพธาราม” หรือ “วัดโพธิ์” ขึ้นเป็นพระอารามหลวง ทรงให้รวบรวม ตำรายา ฤาษีดัดตน จวบจนตำราการนวด แล้วให้จารึกไว้ตามศาลาราย เพื่อให้ประชาชนได้ศึกษาโดยทั่วกัน ต่อมาใน พ.ศ.๒๓๗๕ ครั้งรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้บูรณะวัดโพธิ์ใหม่ ทรงให้หล่อรูปฤษีดัดตนเป็นโลหะ และทรงให้รวบรวมตำราการนวดและตำราการแพทย์จารึกในวัดโพธิ์ เพื่อเผยแพร่ให้ประชาชนทั่วไปศึกษา และนำความรู้ไปใช้ให้เกิดประโยชน์ต่อไป ในพ.ศ. ๒๔๙๙ พระบาทสมเด็จพระปิยะมหาราช ทรงโปรดเกล้าฯให้แพทย์หลวงจัดสังคายนา และแปลตำราแพทย์จากภาษาบาลี และสันสกฤตเป็นภาษาไทย เรียกว่าตำราแพทย์ศาสตร์สงเคราะห์ (ฉบับหลวง) ซึ่งตำรานี้ได้แยกการนวดเป็นภาควิชาหัตถศาสตร์ เรียกว่า “ตำราแบบนวดฉบับหลวง”

ในพ.ศ. ๒๔๖๖ มีการออกพระราชบัญญัติการแพทย์ (การประกอบโรคศิลปะ) โดยแบ่งการแพทย์เป็น ๒ แผน คือ แพทย์แผนปัจจุบัน และแพทย์แผนโบราณ แพทย์แผนโบราณแบ่งออกเป็น ๔ สาขา คือ สาขาเวชกรรมแผนโบราณ สาขาเภสัชกรรมแผนโบราณ สาขาผดุงครรภ์แผนโบราณ และสาขานวดแผนโบราณ และเมื่อมีการออกพระราชบัญญัติการประกอบโรคศิลปะใหม่ (พ.ศ.๒๔๗๙) ได้มีการตัดสาขาการนวดแผนโบราณออก ในพ.ศ.๒๔๙๘ ท่านเจ้าคุณพระธรรมวโรดม (ปุ่น ปุณณสิริ) ซึ่งต่อมาท่านได้เป็นสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณสมเด็จพระสังฆราชองค์ที่ ๑๗ ได้จัดตั้งสมาคมแพทย์แผนโบราณ และโรงเรียนแพทย์แผนโบราณวัดพระเชตุพน(วัดโพธิ์)ขึ้น โดยโรงเรียนได้เริ่มเปิดสอนวิชาแพทย์แผนโบราณทั้ง ๓ สาขาวิชาตามกฎหมาย

ใน พ.ศ.๒๕๐๔ เมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชทรงเสด็จวัดโพธิ์ คณะอาจารย์ได้นำตำราของโรงเรียนฯขึ้นทูลเกล้าถวาย พระองค์ทรงรับสั่งถามว่ามีการนวดสอนหรือไม่ จากกระแสพระราชดำรัสดังกล่าวเป็นผลให้มีการรวบรวมความรู้เกี่ยวกับการนวดมาจัดทำเป็นหลักสูตร และเริ่มเปิดสอนตั้งแต่วันที่ ๑๕ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๐๕ โรงเรียนจึงมีการเรียนการสอนครบทั้ง ๔ สาขาวิชามาจนถึงปัจจุบัน ในพ.ศ.๒๕๓๔ ทางโรงเรียนฯโดย นายกำธร ตั้งตรงจิตร อดีตนายกสมาคมแพทย์แผนโบราณ ได้จัดทำตำราการนวดฉบับมาตรฐานขึ้น โดยเชิญอาจารย์สอนนวดในวัดโพธิ์เข้าร่วมประชุมสัมมนา จัดวางแนว จัดผัง และลำดับการนวดให้ผ่านจุดแนวเส้นประธานทั้งสิบ เพื่อใช้เป็นท่านวดมาตรฐานสำหรับการเรียนการสอน คัดเลือกท่าดัดต่างๆ เก็บไว้แต่ท่าที่ปลอดภัยให้ผลดี ท่าไหนที่ไม่แน่ใจว่าปลอดภัยหรือไม่ ก็ได้แยกไว้ หากผู้ใดจะนำไปปฏิบัติก็ให้ไตร่ตรองถึงคุณ และโทษอย่างถี่ถ้วน ซึ่งตำราการนวดนี้ยังคงใช้เป็นมาตรฐานสำหรับการเรียนการสอนอยู่จนถึงปัจจุบัน